В Duke Nukem: Time to Kill непобедимый Дюк вступает в схватку с чужаками-мутантами, стремящимися захватить земных младенцев, что грозит гибелью Земли. Задача героя осложняется тем, что мерзавцы могут путешествовать во времени. Гоняясь за ними Дюк оказывается в Древнем Риме, в Средневековой Европе и даже на диком Западе.